Misiunea declarată a SDT este de a pregăti personal înalt calificat pentru structurile de conducere și pentru instituțiile de educație din Biserica Ortodoxă Română, în special pentru Arhiepiscopia de Alba Iulia.
La finalizarea programului de studii doctorale absolvenții programelor de studii doctorale vor dobândi cunoștințe, competențe şi abilități care îi vor ajuta să îşi îndeplinească misiunea și să contribuie la bunăstarea spirituală a credincioșilor, la înțelegerea și dialogul multicultural și multiconfesional. Din această perspectivă, obiectivele esențiale ale programelor de studii din cadrul SDT sunt de a extinde orizontul cunoașterii, de a forma o conștiință tolerantă în rândul clerului, de a dobândi abilități de comunicare, dialog și de cercetare avansată.
